办公室 党委办公室 纪检监察办公室 人事教育处 科技处 开发处 财务处 资产管理处 国际合作处 管理部门

海洋环境与数值模拟研究室 海洋地质与地球物理研究室 海洋物理与遥感研究室 海洋与气候研究中心 海洋生态研究中心 海岛海岸带研究中心 海洋工程环境与测绘研究中心 海洋政策研究中心 业务部门

海洋信息与计算中心 测试中心/总工办 船舶管理中心 支撑部门

国家基金委-青岛海洋科学资料共享服务中心 中国大洋样品馆 山东省海洋生化工程技术研究中心 青岛市海洋天然产物中试基地 青岛市现代分析技术与中药标准化重点实验室 海洋遥测工程技术研究中心 共建机构

中韩海洋科学共同研究中心 中国-印尼海洋与气候联合研究中心 中-泰气候与海洋生态联合实验室 CLIVAR国际项目办公室 UNESCO/IOC海洋动力学和气候培训与研究区域中心 东亚海海洋环境管理伙伴关系计划（PEMSEA） 国际机构