为强化海洋科学研究和成果示范应用，发挥国家海洋局第一海洋研究所的专业和技术优势，服务连云港海洋经济发展，建设国家级研究部门与地方政府合作新机制，国家海洋局第一海洋研究所与连云港市人民政府共同建立国家海洋局第一海洋研究所连云港研究院。（连云港市海洋资源开发和技术推广研究院）。2012年1月6日，“共建国家海洋局第一海洋研究所连云港研究院”协议签订仪式在连云港市海洋与渔业局举行。我所马德毅所长、孙永福副所长、于洪军副书记及有关人员，连云港市邱志高副市长及连云港市海洋与渔业局领导参加了签约仪式。
    在协议签订仪式上，邱志高副市长向国家海洋局第一海洋研究所长期的支持表示衷心感谢，对协议的签订表示热烈祝贺。他表示随着沿海开发的全面深入，为更好的加强海洋经济开发、推动海洋经济转型升级，共建连云港海洋研究院不仅是连云港市海洋管理工作的迫切需要，对于促进连云港市海洋经济全面发展也具有十分重要和深远的意义。相信在国家海洋局第一海洋研究所专业人才和高新技术的支持下，连云港的海洋经济必将得到更快的发展。
    马德毅所长对连云港近年的发展给予了高度的评价，他表示作为江苏省海上开发的龙头，连云港所处的地理位置和自然条件都具有重要的战略地位。共建研究院将充分发挥连云港市的海洋资源优势和一所的海洋科研优势，对区域海洋的开发和利用产生积极的作用。希望通过双方的共同努力，建成后的研究院将成为江苏一流的海洋科技人才培养基地、国内领先的海洋应用技术研究平台，为连云港市的海洋发展提供有力支持。
    签字仪式上马德毅所长与邱志高副市长签署了“共建国家海洋局第一海洋研究所连云港研究院（连云港市海洋资源开发和技术推广研究院）”的协议，海洋一所遥感室张杰主任与连云港海管中心赵新生主任签订了共建“连云港海域立体监管应用研究中心”协议。
    共建研究院由连云港市提供共建机构场所、人员管理、经费支持等软硬建设的保障，国家海洋局第一海洋研究所负责海洋技术研究和海洋科技成果转化应用，并作为技术总负责，开展项目研发和人员培养。共建双方将以和谐共建、互动双赢为目标，加快共建工作进程，随着各项合作的深入将有力推动连云港海洋科技创新体系建设，提高海洋科技持续创新能力。